第二個休息日後，2021環法正式進入最後一週的爭奪。第十六賽段為丘陵站，從位處法國邊境的恩坎普教區(El Pas de la Casa)出發，一路騎進庇里牛斯山區，賽段總長169公里，中途設有兩個二級坡，一個一級坡與一個四級坡。雖然說是丘陵站，但本賽段起點海拔高度即達2080公尺，途中還得面對接連的一二級坡，甚有挑戰性。
衝刺點過後， Juul Jensen、Jan Bakelants與Fabien Doubey三隻逃脫兔以25秒秒差的距離領先後方的11人追擊集團，這群追兵包括Patrick Konrad、Michael Matthews與Sonny Colbrelli等人。他們不斷嘗試追擊，其中Patrick Konrad率先發起突圍，在進入第二個登山點前4公里追上前方的兔群。不過在進入一級爬坡段後，前方似乎有兔子已氣力用盡，Juul Jensen掉出領先群，剩下Fabien Doubey、Patrick Konrad與Jan Bakelants。三人協力，迅速拉開與主集團間的差距，在下一個爬坡點前已建立起8分鐘秒差的領先優勢。
當賽事準備進入倒數第二個登山點，終點前37公里，身穿奧地利國家冠軍衫的Patrick Konrad發起攻勢，從領先小組中突圍而出，甩掉另外兩人。Patrick Konrad展開單飛模式，而其後方隨即上演一段廝殺。先是David Gaudu、Frank Bonnamour與Sonny Colbrelli抓到稍早被拋下的Jan Bakelants，接著是一波篩選，確立了一支兩人追擊小隊，分別為Sonny Colbrelli與David Gaudu，兩人落後Patrick Konrad 45秒秒差的距離。
終點前最後的短爬坡，Patrick Konrad與後方追兵的距離一直保持在一分鐘以內。來到最後10公里，David Gaudu與Sonny Colbrelli被後方的第三集團併吞，此時他們與Patrick Konrad的距離不減反增，來到1分鐘秒差。Patrick Konrad就這樣一直維持領先優勢，單飛進終點，拿下賽段冠軍，也為Bora車隊奪得本屆環法第二場勝利。
Stage 16排名
1.Patrick Konrad Bora-Hansgrohe 04:01:59
2.Sonny Colbrelli Bahrain Victorious
3.Michael Matthews Team Bikeexchange
4.Pierre Luc Perichon Cofidis
5.Frank Bonnamour B&B Hotel P/B KTM
GC總排名
1.Tadej Pogacar UAE Team Emirates 66:23:06
2.Rigoberto Uran EF Education-Nippo 66:28:24
3.Jonas Vingergaard Jumbo-Visma 66:28:38
4.Richard Carapaz Ineos Grenadiers 66:28:39
5.Ben O'Connor AG2R Citroën Team 66:29:04
